El programa integrativo Biodata busca reunir y generar bases de datos de la biodiversidad de plantas vasculares en Chile, por medio de la integración de los distintos herbarios del país en una única gran base de datos unificada y accesible al público.
El trabajo comenzó en 2022 con la recopilación de especies de los herbarios de la Universidad de la Serena y de la Universidad de Concepción. Hoy el proyecto está pronto a reunir cerca de 200.000 imágenes de unas 5.000 especies chilenas.
El programa cuenta con tres plataformas: i-Biodata, de uso interno, que facilita el trabajo de recopilación, clasificación y unificación del material de los herbarios; el Herbario Digital, sitio web que administra y pone a disposición del público las fotografías reunidas para fácil acceso; y el Atlas de la Biodiversidad, que ofrece, junto con las imágenes, datos de ubicación geográfica y otros aspectos de la biología de las plantas que componen la biodiversidad de Chile.
Junto con servir como herramientas para la investigación y la educación de la botánica nacional, Biodata busca aportar al trabajo de los tomadores de decisiones sobre políticas de biodiversidad en el país, además de resguardar el patrimonio científico de los herbarios chilenos para futuras generaciones.
imágenes
especies registradas
1 Recolección
A lo largo del país, investigadores, estudiantes y otros colaboradores recolectan ejemplares de plantas vasculares para que puedan potencialmente ser ingresadas en los herbarios y en la plataforma del Herbario Digital. Además, nuevos ejemplares se reciben por medio de donaciones de otros herbarios y proyectos similares a nivel nacional.
2 Priorización
Ante la llegada de nuevas muestras, los coordinadores de cada herbario generan una lista de especies prioritarias para digitalizar, a partir de criterios de urgencia para investigadores y estudiantes, revisión de la curatoría y la accesibilidad a las carpetas del herbario.
3 Listado
La lista de especímenes priorizados para ser digitalizados se ingresa según el formato Darwin Core (DwC), un estándar de metadatos que permite clasificarlos en bases de datos de biodiversidad. Estos incluyen datos como prioridad, código del espécimen, localidad de la recolección, altitud, la persona que lo identificó y el nombre científico, entre otros. Con todo cumplido, los ejemplares etiquetados se ingresan a la plataforma i-Biodata.
4 Validación
Una vez ingresada la información a la plataforma, esta valida que el espécimen cumpla con dos requisitos: que no haya sido ya ingresado en otra lista, y que la especie se encuentre registrada en el Catálogo de Plantas Vasculares de Chile. En caso de que el espécimen no aparezca en el Catálogo, se revisa si la información taxonómica está incorrecta o si es necesario actualizarlo.
5 Catálogo de Plantas Vasculares de Chile
El Catálogo de Plantas Vasculares de Chile, formado por primera vez en 1881 por Federico Philippi, es una base de datos que sistematiza la taxonomía de la flora del país utilizando la información de los herbarios. Esta información se mantiene actualizada cuando surjan nuevos cambios de nomenclatura validados por la comunidad científica. Al encontrarse integrado a la plataforma i-Biodata, los datos de los especímenes digitalizados están sujetos a un proceso dinámico de estandarización taxonómica.
6 Preparación y etiquetado QR
Una vez estandarizados los datos de los especímenes a digitalizar, la persona encargada de la digitalización prepara la carpeta con el espécimen para fotografiar y pega un código QR generado por la plataforma, el cual permite vincular la fotografía con los datos del espécimen fotografiado en la base de datos.
7 Fotografía
Completado el ingreso a la plataforma, se recolectan las carpetas del herbario para transportarlas a la fotoestación y prepararlas para la toma de fotografías. La persona encargada de digitalización revisa que parámetros fotográficos como la apertura del diafragma, la velocidad de obturación y el ISO se encuentren estandarizados a lo largo del proceso, además del enfoque de la cámara, y que tenga un aumento de 10x. Junto con los ejemplares, se fotografían las cartas de enfoque y la tarjeta de colores para crear un perfil de color estandarizado. Luego de presentar adecuadamente el espécimen en la hoja, se incluye en la fotografía el código QR, el perfil de color, una escala y una ficha con la principal información sobre la especie y su localidad. Finalmente, todas las fotografías y el perfil de color se ingresan a la plataforma.
8 Digitalización
Una vez ingresadas las fotografías, la plataforma aplica un algoritmo que procesa automáticamente las fotografías por medio del código QR para generar una etiqueta digital con la información correspondiente, aunque ocultando las coordenadas exactas del punto de colecta.
9 Publicación
Si todo el proceso ha sido validado correctamente, la fotografía pasa a formar parte del Herbario Digital, de modo de estar disponible en línea para investigadores, estudiantes y público en general.
